基础体温看的是长期的变化趋势，因为测量极易受到环境干扰，单看几天的体温波动不能明确其意义。基础体温测量的使用误区主要是把基础体温用于预测排卵期和评估胚胎发育的情况。基础体温不能用于预测排卵期更不能完全决定性交的时机，更不能用于怀孕后评估胚胎发育的情况。基础体温只能在你完整测量完一个周期后告诉你到底有没有排过卵而已。
基础体温测排卵要求
晨起测量、睡眠充足
基础体温测排卵方便、无花费，可以发现结核病的存在，方便自己测量。临睡前要把体温表甩好，甩到36℃以下，放在一个干净的杯子里，放在床头早晨伸手可以勾到的地方。晚上要有充足的睡眠，至少达到6个小时，如果是夜班睡眠时间短或者熬夜，则影响基础体温的测量。睡醒后不要起床，不要说话，直接将体温表含到口腔中，测量的过程中保持安静，需要等待5分钟后看结果。
基础体温测量的基本原理是排卵后女性体内开始产生孕激素，因为孕激素的作用，使女性的基础体温升高0.3~0.5℃。因此女性怀孕后体温也是升高的。通常在排卵前女性的基础体温小于36.5℃，排卵后基础体温升高到36.5℃以上，但是不应当超过37.2℃。
如果在排卵前超过36.5℃，排卵后超过37.2℃要考虑有结核感染的可能，而盆腔结核有可能对子宫内膜和输卵管造成损伤，而没有其它症状。这种情况可以去当地防疫站花几十块钱进行结合抗菌素实验。判断是否有结核感染史。这种实验很简单，在前臂打一针疫苗就可以，三天后看局部的反应，可以判断现在有没有感染，过去有没有感染过。
按周期记录和测量
基础体温的测量我们要看的是趋势而不是一两天的数值，通常要求完整测量3个周期。然后做为“回顾性诊断”，所谓回顾性诊断就是完整测量3个周期后再翻过来看你的体温变化情况，来评估你是否有排卵，而非测量过程中通过体温的波动来预测你的排卵期以及性交时机。
基础体温测量的弊端就是只能了解是否有排卵，但是不能预测排卵时卵泡的大小程度，当时内膜的厚度。如果发生卵泡黄素化(即卵泡成熟但是最后没有发生破裂排卵的情况)，基础体温依然会升高。
基础体温测排卵不是“万能”
基础体温测量不能用于评估胚胎发育的状况。当女性排卵后基础体温就会较排卵前升高0.3~0.5℃，如果女性怀孕，基础体温讲持续处于高温阶段。但是基础体温不足以评估胚胎是否发育良好，是否发生停育。
有人误解为体温降低预示着胚胎已经停育，这是完全错误的，导致体温升高不是因为胚胎的存活，而是因为怀孕后女性体内产生的孕酮。即使胚胎停育后人体也在产生少量的孕酮，因此即使发生胚胎停育基础体温也是升高的。
基础体温和流产的关系是，只有当胚胎完全排出，流产彻底结束后，基础体温才可能恢复到孕前的水平。因此不建议也从来没有人建议过孕期妇女通过测量基础体温来评估胚胎发育的情况，这是完全没有意义。反而会因为基础体温的测量误差或者外界环境因素的干扰，给孕妇带来巨大的情感波动。基础体温看的是长期的变化趋势而非一两天的体温波动。
