通常情况下，男方死精做试管婴儿对自己没有什么风险，但对于女方有一定的风险，例如在促排卵使用诱导排卵药物刺激卵巢后，可能出现卵巢过度刺激综合征，表现为轻度腹胀、卵巢增大，严重者会出现大量腹腔积液、胸腔积液及电解质紊乱等。另外胚胎移植到宫腔内以后，仍然可能出现胎停，因此成功后需要定期复查彩超，看胚胎的生长发育情况。
做试管医学上称为体外受精-胚胎移植，临床上适用于各种原因导致的不孕症者，包括男方死精症，通常该技术对于男性没有太大风险，往往对女性会产生一定的伤害，如下：
1宫外孕风险提高，试管婴儿技术导致宫外孕的几率是自然妊娠的2.6倍；
2促排卵药物会出现注射部位轻度淤青与疼痛、恶心、偶发呕吐、乳房胀痛和阴道分泌物增多等副作用；
3取卵时可能会导致轻微到中度的盆腔和腹部疼痛、卵巢周围脏器损伤、盆腔感染等；
4胚胎移植时当导管穿过宫颈时女性可能会感到轻度痉挛，之后阴道可能会出现点状出血，极少情况下病人会发生感染；
5多个胚胎移植可能会导致体外助孕后多胎妊娠发生率增加，多胎妊娠可增加母婴并发症、流产和早产的发生率、围产儿患病率和死亡率。
此外，ICSI技术引起性染色体(X或Y染色体)异常的风险会略有增加。但是现今尚无法确定这些风险是ICSI技术本身造成的，还是因为精子本身的问题造成的。有精子缺陷的男性存在染色体异常的几率更高，这种异常可以遗传给后代。
不过，试管的流产率与自然妊娠的流产率近似，风险随母亲年龄增加而升高。20多岁的女性的流产率可以低至15%，而40多岁的女性的流产率超过50%。
男方死精做试管婴儿也是有可能会胎停的，如果夫妻双方的身体比较健康，不存在遗传性疾病，并且女方不存在妇科炎症疾病，宫腔环境较好，则此时胚胎植入后，较为适合胚胎发育，胎停的几率一般是30%左右。
但如果夫妻双方的身体健康度较差，并且存在遗传性疾病，此时受精卵质量就较差，植入宫腔后，可能会出现发育异常的情况，此时胎停的几率就比较高，一般是50%左右。
